首先，对化工制药废水进行一级处理，使用隔油池、沉淀池、沉砂池、筛网、格栅、调节池等构筑物，将废水中的浮油、固体悬浮物等去除，调整废水的pH值，降低化工制药废水的腐化程度。一般情况下，经过一级处理以后，BOD去除率只有25%-30%;其次，二级处理，通过化学方法或者生物处理方法，去除化工制药废水中的胶体污染物和可降解有机物，二次处理以后，BOD去除率可达到85%-90%。最后，三级处理，去除化工制药废水中氮、磷和生物难以降解的病原体、无机污染物、有机污染物等，经过上述处理后，才使用膜分离技术、离子交换、吸附等物理化学法以及化学沉淀、化学氧化等化学法，实现对化工制药废水的深度处理。