作为一项新技术，短程脱氮仍有许多问题尚未解决：

　　1)AAOB菌生长缓慢，需要研究反应器的快速启动方法，实现AAOB的快速有效富集，缩短反应器的启动时间;

　　2)AAOB对环境比较敏感，需确定厌氧氨氧化工程对不同成分废水处理的适宜性，并提出避免有毒物质对AAOB产生抑制和毒害的方法;

　　3)主流厌氧氨氧化方面，需要研究提高工艺运行的稳定性，特别是提高亚硝化过程中亚硝酸盐的累积率和AAOB在低温条件下的活性等。