冷却水的水垢附着、腐蚀、微生物黏泥等危害的发生，大多是由多种因素综合作用的结果。所以有些问题若仅注意冷却水的化学处理，而忽视其他工作，是不能完全解决的，必须要注意每个环节的工作，讲究综合治理才能收到良好的效果。
综合治理必须注意民下几个方面：
（1）确保补充水的质量
如果补充水中存在较大颗粒的固体物质（如甲壳虫、塑料、木块等），会造成换热器的堵塞，并使化学处理失败；补充水的浊度过大，会在换热器上引起泥垢；微生物过多，会引起黏泥危害；水中成垢离子超过规定，就易结垢，必须考虑补充水的软化。此外，在澄清过程中选用絮凝剂时也应注意，以不使铁、铝离子转移而在冷却水系统中沉积下来为原则。
（2）冷却塔周围的环境，冷却塔附近的烟尘、灰沙、化学气体很容易进入水中，使冷却水的浊度或化学物质含量增加，因此对上述污染物质必须设法防治。在冷却水系统中增加旁滤池是降低循环冷却水浊度的一个好办法。
（3）优化换热器及选用合理运行参数
冷却水的化学处理的效果还与换热器的结构、金属材料、机械加工、操作条件等因素有密切关系。例如有些壳程换热器在结构上有很多折流板，再加上水的流速低，很难避免沉积和垢下腐蚀的发生，这种沉积和垢下腐蚀不是化学处理能解决的。对于这类换热器，目前有些工厂采用涂料保护方法；有些工厂则在操作中采用定期空气搅动吹扫，均获得较好的效果。此外，注意换热器的操作条件、选用适当的金属材质、注意加工方法等都是综合治理所要注意的。因此，在选择化学处理配方及运行条件（pH值、浓缩倍数等）时，要综合分析全系统换热器的材质和运行条件，如有铜设备的，需防止氨腐蚀；有不锈钢设备的，需考虑氯根应力腐蚀。有热强度过高设备（如蒸汽冷凝器）的，应着重防止结垢，等等。
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